Si bé la cirurgia catalana té una llarga història i una noble tradició, l'associacionisme quirúrgic de caràcter científic entronca amb els antics gremis i confraries, tan característics de la societat burgesa i artesana del país, i, de manera especial, amb la creació del "Reial Col·legi de Cirurgia de Barcelona", sota els auspicis d'en Pere Virgili i molt especialment de n'Antoni de Gimbernat, durant el segle XVIII.
La història oficial de la Societat Catalana de Cirurgia comença doncs a principis de l'any 1927. En una reunió al "Ateneo Barcelonés", els cirurgians Enric Ribas i Ribas, Joaquim Trias i Pujol i Joaquim Salarich i Torrents van proposar reunir en una primera assemblea a tots els cirurgians de Barcelona amb la finalitat de crear una associació específica per relacionar als cirurgians catalans. Els convocats van acordar la creació d'una comissió que estudiés les bases per a redactar un estatut que seria presentat a una segona assemblea. La segona assemblea va aprovar l'estatut definitiu el dia 5 d'abril de 1927. El primer nom proposat fou Societat Catalana de Cirurgia, però aleshores el Governador Civil, General Jaime Milans del Bosch, no el va acceptar i el va fer canviar i reduir a l'àmbit de la ciutat de Barcelona. Per aquest motiu el primer nom enregistrat fou el de Societat de Cirurgia de Barcelona. Tots els membres fundadors van passar a ser membres numeraris i es va escollir una Junta de Govern. El primer president va ser precisament n'Enric Ribas i Ribas (1927-1929) i el primer secretari en Joaquim Salarich i Torrents.
El dia 26 de setembre de 1927 es va celebrar la sessió inaugural de la Societat de Cirurgia de Barcelona en la qual, després del discurs del president, el Dr. Rodolf Matas, nord-americà fill de pares catalans, pronuncià la lliçó magistral "Observacions preliminars que regeixen el tractament quirúrgic dels aneurismes". Se'l va nomenar soci de mèrit, inaugurant una tradició que encara mantenim. El segon president va ser en Manuel Corachan i Garcia (1930-1931) i el va seguir en Joan Puig i Sureda (1932-1933). Durant els seus mandats les comunicacions van disminuir degut a la formació d'altres societats especialitzades.
La fi de la Dictadura de Primo de Rivera i més tard la instauració de la República van tenir repercussions visibles en la Societat. El butlletí, que inicialment era en castellà, passà, a instància d'en Pere Gabarró i Garcia (que després seria secretari de la Societat), a publicar-se en català el mes de maig de 1931. També es va acordar en assemblea que el català fos l'únic idioma de la Societat. El 7 de febrer de 1933 el president Joan Puig i Sureda, va convocar una assemblea extraordinària a fi de proposar el canvi de nom de la Societat de Cirurgia de Barcelona pel de Societat de Cirurgia de Catalunya. La proposta fou acceptada per aclamació.
L'expansió de la Societat era palesa per la gran quantitat de treballs científics que es presentaven i per les conferències que es feien amb la intervenció de primeres figures quirúrgiques d'arreu del món. L'any 1934 es va celebrar un homenatge a Antoni Gimbernat, en el segon centenari del seu naixement, amb assistència de cirurgians dels països catalans i sota la presidència de Joaquim Trias i Pujol (1934-1935). Un any després, el 1935, es va decidir en assemblea que els hospitals acollirien per torn les sessions científiques. El mes d'abril d'aquell any, durant la presidència de Joan Bartrina i Tomàs (1935-36), la Societat es va adherir a l'Acadèmia de Ciències Mèdiques, però mantenint la seva independència estatutària, econòmica i directriu. El 2 de juny de 1936 va tenir lloc l'última sessió científica de la Societat perquè la Guerra Civil espanyola va esclatar el mes següent. Durant el parèntesi de la guerra, els documents de la Societat van quedar dipositats a l'Acadèmia de Ciències Mèdiques.
L'any 1941 es va crear la "Asociación de Cirugía de la Academia de Ciencias Médicas" en el si de l'Acadèmia i es va nomenar president novament a en Joan Puig i Sureda (1941-1951) que fou seguit per en Joaquim Trias i Pujol (1951-1953). L'any 1953 la presidència va passar a en Pere Piulachs i Oliva (1953-1961) qui, junt amb el secretari, n'Antoni Sitges i Creus, van promoure l'antiga Societat, sense perdre el lligam amb l'Acadèmia. El Govern Civil va aprovar la continuació amb el nom de "Asociación de Cirugía de Barcelona" que va ser acceptat per imperatius polítics. La sessió inaugural es va celebrar el 24 de novembre de 1956. A l'any següent va aparèixer la publicació "Barcelona Quirúrgica", que va ser el seu òrgan però sense ser-ne propietària. Durant la presidència d'en Pere Piulachs, l'any 1958, es va arribar al nombre de cent socis. L'any 1960 es van celebrar unes jornades en commemoració del segon centenari de la fundació del "Real Colegio de Cirugía de Barcelona", en les quals el professor Pedro Laín Entralgo va pronunciar-hi una conferència sobre Pere Virgili i Antoni Gimbernat.
Durant el mandat del president següent, Josep Soler i Roig (1961-1965), la "Asociación" es va expansionar molt. Es van crear els premis Virgili (nacional i estranger), l'obertura del curs acadèmic es va començar a fer a l'amfiteatre Gimbernat de la "Real Academia de Cirugía de Barcelona" i els sopars anuals que la segueixen a l'antic Hospital de la Santa Creu. En aquella època es va intentar que l'Associació passés a dir-se "Real Colegio de Cirujanos de Barcelona", sense èxit per la oposició del "Ministerio de la Gobernación".
El va succeir en Jaume Pi i Figueras (1965-1969), que va donar el nom de Gimbernat al premi Virgili estranger i decidí que cada soci tingués una medalla creada per l'escultor Subirachs. Es van posar en marxa també les sessions conjuntes amb les societats de Montpeller i Lió. El va seguir en Vicenç Artigas i Riera (1969-1971), el qual va modificar els estatuts per tal de reduir a dos els anys de la presidència i de la secretaria. Va crear el premi Salvador Cardenal per als cirurgians joves. Atesa la poca assistència a les sessions dels hospitals, en horari de feina, es va decidir de fer-les a l'Acadèmia en hores de vespre/nit.
Sota la presidència de Ramon Arandes i Adan (1971-1973) es va canviar novament el nom de la "Asociación" que va passar a dir-se "Sociedad Catalana de Cirugía". Tant aquest president com el següent, en Joan Agustí i Peypoch (1973-1975) van organitzar diverses reunions conjuntes amb metges francesos, aragonesos, valencians i anglesos, a part de les sessions mensuals reglamentàries. També es va col·laborar en l'organització del XXV Congrés de la "Société Internationale de Chirurgie", Barcelona 1973, que va deixar com a seqüela un premi que s'atorgaria al millor treball presentat cada any, fins que fos possible, des del punt de vista econòmic.
En temps del president Víctor Salleras i Llinares (1975-1977), la duració dels càrrecs de president i secretari van passar de nou a una durada de quatre anys. També va tenir lloc a Vilallonga del Camp la celebració del segon centenari de la mort de Pere Virgili, inaugurant-se un monòlit commemoratiu i una exposició/homenatge.
Entre els propòsits del president Antoni Sitges i Creus (1977-1981) hi havia el d'aconseguir una bona revista de la Societat. Finalment, es va cancel·lar la col·laboració amb "Barcelona Quirúrgica" i es va editar la denominada "Acta Chirurgica Cataloniae", amb gran diferència de contingut científic. També es va proposar al Govern Civil la catalanització del nom de la Societat. La petició va coincidir amb el traspàs de la regulació de societats i associacions a la Generalitat de Catalunya i, sense cap entrebanc, es passà al nom actual de Societat Catalana de Cirurgia, nom original amb el què volíem començar l'any 1927. Són a destacar la celebració durant aquells quatre anys de les reunions científiques que amb el nom de Mostra Catalana de Cirurgia (de la I a la IV i amb la col·laboració de les Societats Catalanes de Traumatologia i de Cirurgia Vascular), van suposar un exitós intent de trobada conjunta de la cirurgia catalana i en català que malauradament no van tenir continuïtat.
L'any 1985 s'encunyà una medalla d'argent pels actes acadèmics de rellevància que el president lluiria i traspassaria al president següent en cada sessió inaugural de curs en què pertoqués de fer-ho.
Des de la dècada dels vuitanta la Societat ha agafat una gran empenta que ha coincidit amb l'augment de metges i de cirurgians al nostre país. Ha augmentat el nombre de socis i ha ampliat la quantitat d'hospitals que poden prendre part en les sessions científiques. En efecte, des de l’adveniment de la democràcia i en especial durant la dècada dels vuitanta el desenvolupament geogràfic de la sanitat pública va portar a l’eclosió dels denominats Hospitals Comarcals que es van anar desenvolupant arreu de Catalunya, creant nous serveis quirúrgics o potenciant els antics existents. A l’any 1984, a Vic, van tenir lloc les primeres Jornades de Cirurgia dels Hospitals Comarcals, que des de llavors van anar celebrant-se, any rera any, amb el beneplàcit de la Societat Catalana de Cirurgia però sense que s’hi arribés a implicar formalment. Una comissió d’organitzadors vetllava per la seva continuïtat, cada any sota la responsabilitat d’un hospital diferent, que va permetre, a l’any 2000, la seva 15ª edició. Paral·lelament, els Caps de Servei dels Hospitals Comarcals varen començar a reunir-se per compartir problemes comuns i cercar solucions compartides. El col·lectiu, que va passar a denominar-se Reunió dels Hospitals de Catalunya, es troba amb una periodicitat aproximada de cada tres mesos i, poc a poc, ha anat captant l’atenció de la Societat Catalana de Cirurgia que ha anat integrant, de manera progressiva, les seves inquietuds i els seus postulats.
Aquest període d’auge ha coincidit amb l’acció dels presidents: Jordi Puig i La Calle (1981-1985), Cristóbal Pera i Blanco-Morales (1985-1989) i Josep Antoni Curto i Cardús (1989-1991) aquest darrer malgrat la desgràcia d'haver mort durant la seva presidència.
Fruit de la progressiva col·laboració amb les Jornades de Cirurgia dels Hospitals Comarcals i amb el precedent de les Mostres de Cirurgia, es dugué a terme, amb èxit d'organització, assistència i nivell científic el Primer Congrés Català de Cirurgia a Vic l'any 1993 sota la presidència d'en Joan López Gibert (1991-1993), que, intercalat amb la continuïtat de les Jornades, va ser seguit del Segon Congrés Català de Cirurgia a Reus l'any 1997, sent president en Jordi Olsina i Pavia (1993-1997), i del Tercer a la ciutat de Girona l'any 2001 en l'època d'en Joan Sànchez-Lloret i Tortosa (1997-2001) que durant la seva presidència, va modificar l'estructura de les sessions i va promoure la creació de Grups de Treball per a tractar en profunditat aspectes concrets de la Cirurgia General, a més d'estructurar la primera pàgina web de la nostra Societat dintre de la xarxa d'Internet de l'Acadèmia de Ciències Mèdiques de Catalunya i de Balears.